El 6 de junio de 1990 nació por decreto presidencial la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH); se creó como un organismo desconcentrado de la Secretaría de Gobernación. Posteriormente, mediante una reforma publicada en el Diario Oficial de la Federación el 28 de enero de 1992, se adicionó el apartado B del artículo 102, con lo que obtuvo rango constitucional y catalogada en el ámbito de los organismos descentralizados. Jorge Carpizo MacGregor fue el primer Ombudsman en México.
La CNDH puede intervenir para investigar los hechos de alguna persona que haya sido afectada o vulnerada en sus derechos, por acciones u omisiones provenientes de una autoridad administrativa o servidor público federal, con excepción de quienes pertenezcan al Poder Judicial de la Federación o en asuntos que se traten de temas electorales.
El antecedente más lejano de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) sería la promulgación de la Ley de Procuraduría de Pobres de 1847, que promovió Ponciano Arriaga en San Luis Potosí. Pero es hasta la segunda mitad del siglo XX, como consecuencia de una demanda social, que comienzan a surgir diversos órganos públicos que tienen como finalidad proteger los derechos de los gobernados frente al poder público.
De esta forma, en 1975 se creó la Procuraduría Federal del Consumidor (Profeco), como defensa de los derechos de los individuos, pero no necesariamente frente al poder público. Asimismo, el 3 de enero de 1979 se instituyó la Dirección para la Defensa de los Derechos Humanos en el estado de Nuevo León, por instrucciones de su entonces Gobernador, Pedro G. Zorrilla. Posteriormente, en 1983, el ayuntamiento de la ciudad de Colima fundó la Procuraduría de Vecinos, que dio pauta al establecimiento de dicha figura en la Ley Orgánica Municipal de Colima del 8 de diciembre de 1984, siendo optativa su creación para los municipios de dicha entidad. Así sucesivamente diversas instituciones y estados de la República fundaron procuradurías para la defensa ciudadana.
A nivel nacional, fue el 13 de febrero de 1989 cuando se creó en la Secretaría de Gobernación la Dirección General de Derechos Humanos y posteriormente la Comisión Nacional de Derechos Humanos. El 13 de septiembre de 1999 se publicó en el Diario Oficial de la Federación una reforma al marco constitucional. Entre sus aspectos más destacados está la modificación a la denominación de Comisión Nacional de Derechos Humanos por la de Comisión Nacional de los Derechos Humanos.
Se le atribuye autonomía de gestión que, aunque ya la tenía, ahora se expresaba a nivel constitucional; se le otorgó autonomía presupuestaria, es decir que su proyecto de presupuesto no puede ser modificado por el Poder Ejecutivo, sino que lo remitirá a la consideración de la Cámara de Diputados; el presidente de la Comisión Nacional, así como los consejeros, son designados por el Senado o, en sus recesos, por la Comisión Permanente, cuando menos por el voto de las dos terceras partes de los legisladores presentes.
La CNDH es un organismo público autónomo encargado de la defensa, promoción, estudio y divulgación de los derechos humanos reconocidos en la Constitución, así como en los tratados y las leyes internacionales.
Entre sus funciones se encuentran: recibir e investigar quejas de presuntas violaciones a derechos humanos; formular recomendaciones públicas, denuncias y quejas ante las autoridades respectivas; promover el estudio, la enseñanza y divulgación de los derechos humanos en el ámbito nacional e internacional; elaborar y ejecutar programas preventivos en materia de derechos humanos; formular programas y proponer acciones en coordinación con las dependencias competentes para impulsar la observancia de los derechos humanos; presentar acciones de inconstitucionalidad ante la Suprema Corte de Justicia de la Nación, cuando exista una ley o tratado que se estime que vulnera derechos humanos.
La CNDH tiene áreas especializadas denominadas Visitadurías, encargadas de recibir, admitir o rechazar las quejas e inconformidades que se presentan ante la CNDH, así como propiciar la conciliación inmediata a violaciones de derechos humanos cuando así sea el caso.
En su informe 2021, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos manifestó que en ese lapso fueron emitidas 155 recomendaciones, 53 más que el año anterior. Tuvieron el más alto número histórico de recomendaciones externadas desde que la institución se consideró organismo constitucional autónomo. Se atendieron a 22 mil 994 personas en situación de víctimas; se logró tener un impacto en 60 de ellas a partir de las recomendaciones por violaciones graves. También ha ejercido durante el referido año acciones de inconstitucionalidad, medidas cautelares, denuncias penales, procedimientos administrativos e informes especiales.
De las 409 medidas cautelares emitidas durante ese año, destacan las que se solicitaron en favor de miembros de la comunidad científica; las solicitadas al gobierno de Chiapas, autoridades estatales y Guardia Nacional en favor de habitantes de la comunidad de Oxchuc; al gobierno de Puebla en favor de pobladores de Coyomeapan, ante la amenaza de ataques violentos; hubo medidas cautelares en favor de habitantes de las comunidades Tula y Xicotlán, e integrantes del CIPOG-EZ en Chilapa de Álvarez, Guerrero; otras a favor de personas migrantes alojadas en el campamento “El Chaparral”, de Tijuana, Baja California.
Se publicaron varios informes especiales: “Informe Especial Derechos de Niñas, Niños y Adolescentes en México. Diagnóstico y propuestas para su protección y garantía” y el “Informe Especial sobre la situación que guarda el tráfico y el secuestro en perjuicio de personas migrantes en México 2011-2020”. El “Informe Especial de la CNDH sobre los Protocolos de Protección a Migrantes (MPP) – Programa Quédate en México 2019-2021. Análisis de su impacto en los derechos humanos de las personas en movilidad en México”, así como el “Diagnóstico sobre la situación de la trata de personas en México 2021. Procuración e impartición de justicia”, entre otros.